BLASTP 2.2.25+


Reference:
Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database
search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.



Reference for composition-based statistics:
Alejandro A. Schäffer, L. Aravind, Thomas L. Madden, Sergei
Shavirin, John L. Spouge, Yuri I. Wolf, Eugene V. Koonin, and
Stephen F. Altschul (2001), "Improving the accuracy of PSI-BLAST
protein database searches with composition-based statistics and
other refinements", Nucleic Acids Res. 29:2994-3005.



Database: All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF
excluding environmental samples from WGS projects
           15,229,318 sequences; 5,219,829,388 total letters



Query= Rv3512

Length=1079
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

gi|57117117|ref|YP_177981.1|  PE-PGRS family protein [Mycobacteri...  1495    0.0  


>gi|57117117|ref|YP_177981.1| PE-PGRS family protein [Mycobacterium tuberculosis H37Rv]
 gi|7441215|pir||B70807 hypothetical glycine-rich protein Rv3512 - Mycobacterium tuberculosis 
(strain H37RV)
 gi|41352798|emb|CAE55606.1| PE-PGRS FAMILY PROTEIN [Mycobacterium tuberculosis H37Rv]
Length=1079

 Score = 1495 bits (3871),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 1079/1079 (100%), Positives = 1079/1079 (100%), Gaps = 0/1079 (0%)

Query  1     PQGADGNAGNGGDGGVGGNGGNGADNTTTAAAGTTGGAGGAGGAGGTGGTGGAAGTGTGG  60
             PQGADGNAGNGGDGGVGGNGGNGADNTTTAAAGTTGGAGGAGGAGGTGGTGGAAGTGTGG
Sbjct  1     PQGADGNAGNGGDGGVGGNGGNGADNTTTAAAGTTGGAGGAGGAGGTGGTGGAAGTGTGG  60

Query  61    QQGNGGNGGNGGTGGKGGTGGDGALAGSSGGAGGKGGNGGDAGKAGTGSAPGTAGTGGDG  120
             QQGNGGNGGNGGTGGKGGTGGDGALAGSSGGAGGKGGNGGDAGKAGTGSAPGTAGTGGDG
Sbjct  61    QQGNGGNGGNGGTGGKGGTGGDGALAGSSGGAGGKGGNGGDAGKAGTGSAPGTAGTGGDG  120

Query  121   GKGGNGGIGAAGTTGPVGTGASGGTGGSGGAGGTGGDGGAANGGTAGAGGAGGNGGKGGD  180
             GKGGNGGIGAAGTTGPVGTGASGGTGGSGGAGGTGGDGGAANGGTAGAGGAGGNGGKGGD
Sbjct  121   GKGGNGGIGAAGTTGPVGTGASGGTGGSGGAGGTGGDGGAANGGTAGAGGAGGNGGKGGD  180

Query  181   GGAGVTSSTAGNSGGAGGSGGKGGDAGAGGAGATPGANGIAGNGGDGGDGAAGAVGISGA  240
             GGAGVTSSTAGNSGGAGGSGGKGGDAGAGGAGATPGANGIAGNGGDGGDGAAGAVGISGA
Sbjct  181   GGAGVTSSTAGNSGGAGGSGGKGGDAGAGGAGATPGANGIAGNGGDGGDGAAGAVGISGA  240

Query  241   TGAGDGGHGGTGAAGGNGGTGGAGGSGIDGVGGGTGGTGGNGGNGAIGGAGGDAGGSGNS  300
             TGAGDGGHGGTGAAGGNGGTGGAGGSGIDGVGGGTGGTGGNGGNGAIGGAGGDAGGSGNS
Sbjct  241   TGAGDGGHGGTGAAGGNGGTGGAGGSGIDGVGGGTGGTGGNGGNGAIGGAGGDAGGSGNS  300

Query  301   GGNGGIGGKGGNAGAGGAAGSNGGTVGANGTGGDGGNGGAAGAATAGSNGGAGTGSAGGN  360
             GGNGGIGGKGGNAGAGGAAGSNGGTVGANGTGGDGGNGGAAGAATAGSNGGAGTGSAGGN
Sbjct  301   GGNGGIGGKGGNAGAGGAAGSNGGTVGANGTGGDGGNGGAAGAATAGSNGGAGTGSAGGN  360

Query  361   GGTGGRGGSGGAGGDGIGGVGGGKGGNGADGEVGGAGGAGGSGPNTSPGGNGGQGGQGGS  420
             GGTGGRGGSGGAGGDGIGGVGGGKGGNGADGEVGGAGGAGGSGPNTSPGGNGGQGGQGGS
Sbjct  361   GGTGGRGGSGGAGGDGIGGVGGGKGGNGADGEVGGAGGAGGSGPNTSPGGNGGQGGQGGS  420

Query  421   GGAGGAAGAGGAGGGANGTAGNGGQGGAGGTGGAGAASSATNGGSGGAGGTGGDGGSGGA  480
             GGAGGAAGAGGAGGGANGTAGNGGQGGAGGTGGAGAASSATNGGSGGAGGTGGDGGSGGA
Sbjct  421   GGAGGAAGAGGAGGGANGTAGNGGQGGAGGTGGAGAASSATNGGSGGAGGTGGDGGSGGA  480

Query  481   GGTGGAGGTGGAAGDGGQGGQGGAGGGAGGQGGAGGAGGTGGNGGNITGGTAGTAGAAGN  540
             GGTGGAGGTGGAAGDGGQGGQGGAGGGAGGQGGAGGAGGTGGNGGNITGGTAGTAGAAGN
Sbjct  481   GGTGGAGGTGGAAGDGGQGGQGGAGGGAGGQGGAGGAGGTGGNGGNITGGTAGTAGAAGN  540

Query  541   GGAAGKGGAGGQGGTGGGTGGQGGAGGDGGAGGTGGDRTVGGGTVPAGSGGQGGNAGGGG  600
             GGAAGKGGAGGQGGTGGGTGGQGGAGGDGGAGGTGGDRTVGGGTVPAGSGGQGGNAGGGG
Sbjct  541   GGAAGKGGAGGQGGTGGGTGGQGGAGGDGGAGGTGGDRTVGGGTVPAGSGGQGGNAGGGG  600

Query  601   AGGQGGADGGSGGDGGDAGTGGNGGNGGNRNSGNGTGGAGGNGGGGANGGAGGAGGSGGG  660
             AGGQGGADGGSGGDGGDAGTGGNGGNGGNRNSGNGTGGAGGNGGGGANGGAGGAGGSGGG
Sbjct  601   AGGQGGADGGSGGDGGDAGTGGNGGNGGNRNSGNGTGGAGGNGGGGANGGAGGAGGSGGG  660

Query  661   TGGNGGAGGDAGDAGNGGNGNGTGNGGNGGNGGIAGMGGNGGAGTGSGNGGNGGSGGNGG  720
             TGGNGGAGGDAGDAGNGGNGNGTGNGGNGGNGGIAGMGGNGGAGTGSGNGGNGGSGGNGG
Sbjct  661   TGGNGGAGGDAGDAGNGGNGNGTGNGGNGGNGGIAGMGGNGGAGTGSGNGGNGGSGGNGG  720

Query  721   NAGMGGNSGTGSGDGGAGGNGGAAGTGGTGGDGGLTGTGGTGGSGGTGGDGGNGGNGADN  780
             NAGMGGNSGTGSGDGGAGGNGGAAGTGGTGGDGGLTGTGGTGGSGGTGGDGGNGGNGADN
Sbjct  721   NAGMGGNSGTGSGDGGAGGNGGAAGTGGTGGDGGLTGTGGTGGSGGTGGDGGNGGNGADN  780

Query  781   TANMTAQAGGDGGNGGDGGFGGGAGAGGGGLTAGANGTGGQGGAGGDGGNGAIGGHGPLT  840
             TANMTAQAGGDGGNGGDGGFGGGAGAGGGGLTAGANGTGGQGGAGGDGGNGAIGGHGPLT
Sbjct  781   TANMTAQAGGDGGNGGDGGFGGGAGAGGGGLTAGANGTGGQGGAGGDGGNGAIGGHGPLT  840

Query  841   DDPGGNGGTGGNGGTGGTGGAGIGSLGGGTGGDGGNGGNGGTGGEGGEVGGAGGTGGAAG  900
             DDPGGNGGTGGNGGTGGTGGAGIGSLGGGTGGDGGNGGNGGTGGEGGEVGGAGGTGGAAG
Sbjct  841   DDPGGNGGTGGNGGTGGTGGAGIGSLGGGTGGDGGNGGNGGTGGEGGEVGGAGGTGGAAG  900

Query  901   NGGDGGTGGTGGGDGGAGGTGGTGGTGGLGDPRVGGSGGDGGTGGSGGAAGNGGNGGNAG  960
             NGGDGGTGGTGGGDGGAGGTGGTGGTGGLGDPRVGGSGGDGGTGGSGGAAGNGGNGGNAG
Sbjct  901   NGGDGGTGGTGGGDGGAGGTGGTGGTGGLGDPRVGGSGGDGGTGGSGGAAGNGGNGGNAG  960

Query  961   AGGNGNGGTGGAGGIGGTGGNGGDAEPGVPPGAGGAGGAGTTGGKGGTGGNGSGTGSGGT  1020
             AGGNGNGGTGGAGGIGGTGGNGGDAEPGVPPGAGGAGGAGTTGGKGGTGGNGSGTGSGGT
Sbjct  961   AGGNGNGGTGGAGGIGGTGGNGGDAEPGVPPGAGGAGGAGTTGGKGGTGGNGSGTGSGGT  1020

Query  1021  GGDGGTGGGGGNGGTGWNGGKGDTGSGGGAGDGGKAPAGGTGGAGGDGGAGGKGGSGGV  1079
             GGDGGTGGGGGNGGTGWNGGKGDTGSGGGAGDGGKAPAGGTGGAGGDGGAGGKGGSGGV
Sbjct  1021  GGDGGTGGGGGNGGTGWNGGKGDTGSGGGAGDGGKAPAGGTGGAGGDGGAGGKGGSGGV  1079



Lambda     K      H
   0.301    0.141    0.436 

Gapped
Lambda     K      H
   0.267   0.0410    0.140 

Effective search space used: 2727016038152


  Database: All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF
excluding environmental samples from WGS projects
    Posted date:  Sep 5, 2011  4:36 AM
  Number of letters in database: 5,219,829,388
  Number of sequences in database:  15,229,318



Matrix: BLOSUM62
Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
Neighboring words threshold: 11
Window for multiple hits: 40